En el 2016, Facebook agregó a Messenger la opción de encriptación de extremo a extremo (E2EE) en el chat de la aplicación. Actualmente, dicha función opcional sigue vigente para todos, con opciones para cifrar mensajes de texto, así como chats y llamadas grupales. Sin embargo, Meta ha discutido cambiar el E2EE por defecto con fecha el próximo año como muy pronto, ya que según reguladores esta nueva medida dañaría la seguridad pública.
Hoy en día, existen dos formas en que los usuarios de Messenger pueden optar por los chats seguros. La primera es a través del modo de desaparición, el cual se realiza deslizando hacia arriba en un chat existente para ingresar a uno donde los mensajes desaparecen automáticamente cuando se cierra la ventana. La segunda opción es la que se introdujo en 2016 con la opción de conversaciones secretas que se activa alternando el ícono de candado cuando se inicia un nuevo chat.
Además, ahora Messenger tiene nuevas funciones para la encriptación de sus mensajes, como lo son los GIF, pegatinas, reacciones y la opción de presionar prolongadamente para responder o reenviar mensajes. Las conversaciones encriptadas también admiten ahora en insignias verificadas para que las personas puedan identificar cuentas auténticas.
Otra opción, es que se pueden guardar archivos como fotografías en los chats, además de una notificación de captura de pantalla al estilo de Snapchat que se implementará en las próximas semanas.