El período más complicado de la relación entre el gobierno de Hugo Chávez y Chile se produjo en 2002, tras el fallido golpe de Estado de abril de ese año, que sacó del poder por 48 horas al fallecido líder de la revolución bolivariana. La administración del entonces Presidente Ricardo Lagos no sólo no condenó en un primer momento los hechos, sino que, incluso, apuntó al propio régimen de ser el responsable de lo sucedido. El embajador en Caracas, Marcos Alvarez, evitó hablar de golpe y destacó los lazos del designado Presidente, Pedro Carmona, con Chile.

La situación fue incluso más allá, con el comunicado emitido por el gobierno de Lagos un día después del hecho -cuando Chávez aún se encontraba detenido- y en el que responsabilizaba al ahora fallecido líder bolivariano de lo sucedido. "El gobierno de Chile lamenta que la conducción del gobierno venezolano haya llevado a la alteración de la institucionalidad democrática, violentando la Carta Democrática Interamericana (...)", señaló la administración Lagos. La Moneda tuvo que dar un giro a medida que se conocían los detalles de lo sucedido y el Presidente Chávez retornaba al poder. El gobierno destituyó así al embajador Alvarez y el propio Lagos dijo que la restitución de Chávez en el poder estaba en consonancia con el respeto a las normas constitucionales. El episodio, sin embargo, marcó la mala relación entre el gobierno de Ricardo Lagos y Hugo Chávez, quien incluso recordó el hecho dos años después, en la Cumbre de las Américas, en Monterrey, y criticó duramente a Chile.