Tras varios meses de marcha blanca, el Transantiago dio comienzo a la etapa final de implementación el sábado 10 de febrero del 2007. Al registrarse problemas en la programación y en las instalación de validadores, la primera semana de funcionamiento resultó ser completamente gratis.
La prueba de fuego llegó dos días después con el primer día laboral del Transantiago. Retrasos en la salida de buses de los terminales, aglomeraciones de pasajeros en Escuela Militar, en el paradero 14 de Vicuña Mackenna, en Plaza Italia fueron algunas las postales de los primeros días de este nuevo sistema. El déficit de buses y que estos viajaran al doble de su máxima capacidad generó un malestar generalizado.
Marzo de 2007
El miércoles 14 de enero se produjo una de las protestas más violentas en contra del Transantiago. Una falla en la estación Los Héroes del Metro provocó un colapso en el sistema y fue así que usuarios empezaron a completar las escaleras de la Rejas y los paraderos de la Alameda.
Sin previo aviso, se tomaron la avenida principal de la capital en manera de protesta por los problemas para tomar algún bus. Con bombas lacrimógenas, Fuerzas Especiales de Carabineros llegaron al lugar para dispersar a los pasajeros enardecidos que protestaban contra el ministro de Transportes, Sergio Espejo.
Al día siguiente, en Rinconada de Maipú y en Lo Hermida en Peñalolén, usuarios del Transantiago hicieron fogatas y detuvieron la circulación de buses.
Producto de la agitación de la población, la Presidenta Michelle Bachelet el 27 de marzo decidió sacar del cargo al ministro de Transportes y puso a cargo a René Cortázar.
Mayo de 2010
En la esquina de la Alameda y Las Rejas, una veintena de usuarios del Transantiago protagonizó una manifestación pacífica por las alzas en el valor del pasaje del sistema de transportes metropolitano. En ese entonces, los manifestantes pedían revocar el aumento de la tarifa a los $510.
Una de las integrantes de la movilización, Tamara Godoy señaló que el Transantiago no cumplía con las expectativas de los usuarios, que los atochamientos seguían al igual que los problemas de contaminación ambiental que existían con el antiguo sistema.
Junio de 2015
El viernes 12 de junio de 2015, una importante aglomeración de personas se registró en la línea 1 del metro producto de la manifestación de huelguistas del Transantiago. Trabajadores de la empresa Express de Santiago Uno, que se encontraban en huelga legal, bajaron a las vías en la estación Los Héroes obligando la suspensión del servicio por una horas.
Debido a la gran afluencia de usuarios en las estaciones, se tuvo que realizar contenciones en los torniquetes de acceso y fueron evacuados a la superficie colapsando los paraderos del Transantiago.
Agosto de 2016
Funcionarios de la empresa Subus del Transantiago marcharon el 1 de agosto por el proceso de quiebra en el que entraba la empresa. Cerca de 1.300 máquinas no funcionaron durante esa mañana.
Los trabajadores exigían el pago del finiquito correspondiente en caso de que se confirmara el estado financiero de la entidad y el desconocimiento sobre si los nuevos encargados de proveer el servicio contrarían a los conductores que se desempeñaban hasta entonces.
Enero de 2017
Más de mil conductores de la empresa Vule inició el 12 de enero una movilización exigiendo mejores condiciones laborales tales como salarios base más dignos, aumento en los bonos de almuerzo, de movilización, validación y capacitación.
La movilización se prolongó por varios días afectando a usuarios de las de los servicios 300 del Transantiago.