Establecer elementos disuasivos y perseguir eficazmente los graves hechos que atenten contra el ecosistema es el objetivo que persigue el proyecto de ley sobre delitos ambientales respaldado por el Gobierno. En efecto, se tipifican aquellas conductas, dolosas o imprudentes, que generen un daño ambiental significativo; y se amplía la responsabilidad penal de las personas jurídicas a dichas hipótesis. Es más, el proyecto otorga nuevas facultades a la institucionalidad ambiental existente y se hace parte de la tendencia de reforzar el rol de órganos administrativos especializados en un proceso penal.  
​Ejemplo de lo anterior es la facultad que se entregaría a la Superintendencia de Medio Ambiente (SMA), previa autorización judicial, de dirigir a la fuerza pública en larealización de actividades de investigación que afectan los derechos de los imputados, como allanar, registrar e incautar documentos o interceptar comunicaciones, incluso sin haber existido formalización o se haya presentado querella. En la misma línea, la investigación penal sólo podría ser iniciada por querella formulada por la SMA una vez que la existencia del daño ambiental significativo haya sido establecida por sentencia del Tribunal Ambiental. Similar lógica se observa en los delitos tributarios o en el de colusión, cuyasinvestigaciones sólo pueden iniciarse mediante querella del SII, en el primer caso, o de la Fiscalía Nacional Económica,establecida la existencia del acuerdo colusorio por el Tribunal de la Libre Competencia, en el segundo. Si bien es razonable exigir un pronunciamiento previo de un órgano especializado en la materia, es cuestionable establecer un requisito de procesabilidad que impediría al Ministerio Público ejercer la acción penal sin la intervención del Superintendente del Medio Ambiente, funcionario de confianza del Presidente.
​Este diseño institucional no está exento de críticas. De hecho, en enero de este año el Consejo Asesor para el perfeccionamiento del CPP señaló que la existencia de los"querellantes institucionales" constituye una afectación a la igualdad de armas. La misma Fiscalía, busca actualmente ante el TC, se declare la inconstitucionalidad de los preceptos del Código Tributario que facultan excluyentemente al SII para querellarse respecto los delitos tributarios. 
​Así, tras una primera lectura del proyecto, se observa cierta relativización de principios procesales penales y constitucionales, que el legislador debería advertir en la formación de la ley. Una Superintendencia reforzada en estos términos, podría afectar al derecho a la defensa, la publicidad del proceso, el principio de objetividad, la igualdad ante la ley y las competencias del Ministerio Público.

​La oportuna y necesaria protección de bienes jurídicos supraindividuales, como el Medio Ambiente, mediante el aumento de espacios de riesgo penalmente relevantes y una intensificación del control estatal, debe velar, al mismo tiempo, por la legitimidad del proceso y la confianza ciudadana en las instituciones. Considero, en este sentido, que el rol y los espacios de discrecionalidad de la SMA propuestos, son, a lo menos, debatibles.