La reforma a la educación superior ingresada al Congreso en julio de 2016 incluía un capítulo para las universidades estatales, el que fue dividido para transformarlo en un proyecto independiente que, según la última minuta del gobierno, será presentado a fines de abril.

Según el documento, uno de los cambios que se incluirán en la ley, es que todos los planteles estatales deberán tener una contraloría universitaria, que tendrá atribuciones como fiscalizar el ingreso y uso de fondos, revisar la legalidad de las decisiones de las autoridades y examinar las cuentas de las personas que tendrán a su cargo bienes de la universidad.

Una crítica a lo que disponía originalmente el proyecto de educación superior era que de los nueve miembros del Consejo Superior de las universidades, cuatro serían representantes del Presidente de la República. Ahora, el documento explica que se reducirá ese número a tres representantes, y el resto de sus miembros estará compuesto por tres integrantes del Consejo Académico, dos académicos de trayectoria y el rector, quien lo presidirá.

En materias de financiamiento, las universidades estatales tendrán un sistema diferente al resto de los planteles. Los aportes basales de las universidades del Estado serán a través del Aporte Fiscal Directo y el Convenio Marco, que es un instrumento que ya se aplica en la Ley de Presupuesto, pero con esto quedaría regulado en la ley.

Por otro lado, el proyecto definirá a las universidades estatales como "servicios públicos autónomos". En ese sentido, la minuta dice que se modificará la Ley Orgánica Constitucional 18.575, para permitir que la organización, funcionamiento y carrera funcionaria de las universidades no esté sujeto a las bases de administración del Estado y, por lo tanto, resulten menos burocrático.