Crónica de un niño solo (1964)

El primer filme como director de Favio tiene claras referencias a su propia infancia, con pasajes dolorosos que pasó en reformatorios. La cinta tuvo un inmediato apoyo de la crítica especializada. Tanto así, que en el 2000, una encuesta realizada por el Museo del Cine Pablo C. Ducrós Hicken, entre un centenar de cronistas, críticos, investigadores e historiadores de cine de Argentina, determinó que "Crónica de un niño solo", es la mejor película de la historia del cine argentino.

Este es el romance del Aniceto y la Francisca, de cómo quedó trunco, comenzó la tristeza, y unas pocas cosas más (1967)

Su segunda película fue rodada en 1967, y es la adaptación del cuento El cenizo, de su hermano Jorge Zuhair Jury y estuvo protagonizada por Federico Luppi (su primer protagónico en el cine), Elsa Daniel, María Vaner y Edgardo Suárez. La película recibió los ocho premios de la Asociación de Cronistas Cinematográficos de la Argentina y es considerada, por buena parte de la crítica local, como una de las mejores de su filmografía. En la misma encuesta del Museo del cine, este filme se ubicó entre los 10 mejores del cine trasandino.

El dependiente (1969)

El cierre de su trilogía, fue El dependiente, un filme de cámara con un gran trabajo de Graciela Borges y el actor uruguayo Walter Vidarte. También estuvo basada en un cuento de su hermano Zuhair Jorge Jury. Se trata de una historia mínima, de seres insignificantes y y la apatía pueblerina.

Juan Moreira (1973)

Inspirada en el relato homónimo de Eduardo Gutiérrez, pero con la impronta de su hermano Zuhair Jury y la locura que él mismo le aportó, cuenta la historia de este antihéroe y su relación con la política, la violencia y la muerte. El tema, encarado esta vez en colores, con un diseño de producción que mostraba claramente su pasión por los relatos nacionales y populares y una memorable actuación de Rodolfo Bebán, convirtió a la película en un éxito de más de dos millones de espectadores. También fue elegido entre los 10 mejores de la cinematografía argentina.

Nazareno Cruz y el lobo (1975)

Considerada la obra cumbre del director, Nazareno Cruz y el lobo es una obra que toma como base un mito folklórico para contar una trágica historia de amor, entre un hombre lobo y una bella mujer, cuyo final resulta inolvidable, doloroso y, por supuesto, trágico. Se sigue considerando al filme como el más taquillero de la historia del cine argentino.

Soñar, soñar (1976)

Soñar, soñar es su película menos vista, en la que reunió al boxeador Carlos Monzón con el cantante Gian Franco Pagliaro, estrenada en coincidencia con el golpe militar de 1976. Ese mismo año, tras amenazas y prohibiciones, Favio se exilió en México, donde se dedicó a su carrera como cantante.

Gatica, el mono (1993)

Gatica, el mono lo llevó a la reconstrucción histórica, hacia la década del 50, el momento en que coincidieron el púgil José María Gatica con Juan Domingo Perón, una obra para la que convocó al entonces debutante Edgardo Nieva. Se trata de una historia en paralelo sobre el auge y caída de este púgil de extracción humilde, con el destino político de Perón, su estrecha amistad y sus rasgos en común.

Perón, sinfonía del sentimiento (1999)

El documental Perón, sinfonía del sentimiento (1999) se convirtió en una de sus obras más personales, tanto por el tema y la pasión que implicaba, como por su forma de encarar una historia que parecía inabarcable. El filme fue dedicado a Héctor J. Cámpora, Hugo del Carril, Ricardo Carpani, Rodolfo Walsh y al grupo de trabajadores y estudiantes del Grupo Cine Liberación, que impulsaron Fernando Solanas, Octavio Getino y Gerardo Vallejo, en la década del '60.

Aniceto (2007)

En la última década, y ya con un serio problema de salud (polineuritis) que impedía su fácil movilidad, Favio volvió a la carga con un sueño: el de convertir en ballet cinematográfico a Aniceto, tal como se llamó el filme protagonizado por Hernán Piquín, con música de Iván Wyszogrod, que ganó nueve premios Cóndor de Plata. Su último trabajo fue La buena gente, uno de los cortos integrantes del grupo de los dedicados al Bicentenario producidos por la Secretaría de Cultura de la Nación.