Fue a través de una columna de opinión publicada en La Tercera el 5 de noviembre de 2004, que el ex comandante en jefe del Ejército Juan Emilio Cheyre -nombrado en 2001 por el ex Presidente Ricardo Lagos-, asumió la responsabilidad del Ejército en las violaciones a los derechos humanos cometidas en dictadura.

"El Ejército de Chile tomó la dura, pero irreversible decisión de asumir las responsabilidades que como institución le cabe en todos los hechos punibles y moralmente inaceptables del pasado", describe el texto del general (R).

El documento generó gran impacto en la opinión pública por tratarse de un primer reconocimiento institucional de lo sucedido durante el régimen de Pinochet.

Por eso, quienes fueron ministros de Lagos durante la época, coinciden en que deben analizarse por cuerdas separadas su rol durante el período de transición a la democracia, y su eventual responsabilidad en el caso Caravana de la Muerte. En la  investigación, el general (r) será sometido a proceso por el asesinato de 15 personas en el regimiento Arica de La Serena, donde Cheyre se desempeñaba como teniente, tras el golpe militar de 1973.

Según el ex ministro Secretario General de Gobierno (Segegob), Francisco Vidal, quien compartió en varias oportunidades con Cheyre debido a que en muchas ocasiones reemplazó como ministro de Defensa subrogante a la Presidenta Michelle Bachelet, el ex general tuvo un rol clave en la transición democrática.

"El rol de Cheyre en la transición fue muy decidor, ya que reconoció por primera vez la violación de los derechos humanos con carácter institucional. Ese es el aporte de Cheyre a la democracia después de los 90 y a la relación entre el Ejército y la sociedad". Vidal agregó, sin embargo, que "eso no lo exime de enfrentar a la justicia por las actuales acusaciones".

En la misma línea, el ex ministro de Educación Sergio Bitar advirtió: "Aunque a algunos les moleste, tengo clara su contribución a la democracia del país".

El ex secretario de Estado agregó que "no estoy en condiciones de juzgar una acusación y será la justicia la que determine".

Por su parte, el ex canciller Ignacio Walker dijo tener "palabras de respeto" por Cheyre tras su reconocimiento en materia de violaciones a los derechos humanos: "Esto le significó insultos, descalificaciones, escupitajos en el funeral del general Pinochet". Pero además, Walker recordó que "nadie está sobre la ley y todos debemos responder ante la justicia".

En tanto, el ex ministro de Defensa Jaime Ravinet, quien además desarrolló el mismo cargo durante el gobierno del ex Presidente Sebastián Piñera, cuestionó en duros términos a los tribunales de justicia por iniciar la investigación contra el ex general.

"Buscar responsabilidades de jóvenes que en esa época tenían 19 o 21 años, que eran subtenientes o tenientes y no los que estaban al mando, me parece una irresponsabilidad y un afán vengativo de algunos jueces de querer reescribir la historia".

Silencio de Lagos

El ex Jefe de Estado, Ricardo Lagos, prefirió guardar silencio ante la situación judicial de Cheyre, sin embargo, sus asesores más cercanos aseguraron estar a la espera de que termine el proceso en tribunales para referirse al tema.

En agosto de 2013, Lagos defendió al ex general en una entrevista en TVN.

"Cheyre tiene un lugar en la historia de Chile. No es justo juzgar a Cheyre por lo que hace un teniente a los 25 años ¿Qué otras cosas más podía hacer… un teniente, cuando se está en estado de guerra? No lo estoy justificando, estoy diciendo simplemente lo que era en ese momento", comentó en esa oportunidad.