Ocho variantes del coronavirus ya están circulando en Chile

Gracias a la secuenciación genómica, se sabe qué tipo de variante es la que circula en un lugar geográfico y es la única manera de saber si el coronavirus ha mutado. De ahí la importancia de este trabajo.




Casi por definición, un virus debe mutar. Y eso es precisamente lo que ha estado haciendo el virus Sars-CoV-2, causante de la pandemia de Covid-19.

Desde que la ciencia supo de la existencia de este nuevo coronavirus, éste en cada replicación que tiene al interior de una célula del cuerpo humano, sale de ella con algún error que en algunos casos lo lleva a una mutación, un cambio en su información genética que en algunos casos le beneficia (lo hace por ejemplo, más contagioso) o lo perjudica hasta el punto de desaparecer y no volver a circular.

Así se explica lo que hoy conocemos como las variantes identificadas en el Reino Unido (B.1.1.7), en Sudáfrica (501Y.V2) y Brasil (B.1.1.248). Variantes que también son conocidas por el lugar en el que tienen la mutación dentro del largo listado de más de 30 mil nucleótidos (como un collar de perlas) que conforman la información genética del virus Sars-CoV-2: mutaciones N501Y, E484K y un largo etcétera.

Incluso, es muy probable que en otros lugares del mundo estén surgiendo nuevas variantes, mutaciones de las que no nos hemos enterado porque falta un elemento fundamental: la secuenciación genómica.

El virus Sars-CoV-2 (azul) saliendo de la célula en una imagen de barrido electrónico. FOTO NIAID-RML / REUTERS

Se trata de un estudio en el que se revisan, perla por perla, las más de 30 mil bolitas que conforman el material genético del coronavirus. Esta información es comparada con el primer genoma de Sars-CoV-2 que se conoció hace un año y que corresponde al genoma que dieron a conocer los investigadores chinos del virus descubierto en Wuhan.

A fines de diciembre, la propia Organización Mundial de la Salud (OMS) pidió que más países se sumen al trabajo de secuenciación del virus. “Solo si los países están analizando y probando de manera efectiva, será posible detectar variantes y ajustar estrategias para hacer frente”, dijo en esa oportunidad el director general de la OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus.

Secuenciación made in Chile

Miguel Allende, director del Centro de Regulación del Genoma del Programa Fondap y parte del equipo del Consorcio Genomas CoV2 (CGC) coordinado por el Ministerio de Ciencia, explica que la vigilancia genómica es clave porque de lo contrario, “estamos trabajando a ciegas y se nos podría escapar un virus que sea más grave y letal o que aparezcan variantes a las que no podamos diagnosticar”.

Por suerte, dice el especialista, esto no ha ocurrido hasta ahora y los métodos de diagnóstico son bien robustos. “Se trabaja con tres lugares, entonces si el virus muta lo suficiente, podría escapar a uno pero no a los otros dos”.

Rafael Medina, virólogo y profesor asociado del Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátrico de la U. Católica, señala que la vigilancia genómica permite entender qué virus están circulando normalmente. “Hay que monitorear, es un trabajo importante el que estamos haciendo, pero tiene que ser más activo y en tiempo real”, dice.

Para el Instituto de Salud Pública (ISP) la vigilancia genómica es un campo esencial a la hora de controlar enfermedades causadas por virus. En el caso de la vigilancia del virus de la influenza, el ISP es miembro de la Red Global de Vigilancia de Influenza participa del monitoreo que se realiza durante todo el año.

En marzo de este año, esta entidad implementó un protocolo para el análisis genético de Saqrs-CoV-2 y secuenció los primeros casos confirmados en Chile, la misma que en diciembre de este año permitió detectar la variante del Reino Unido en nuestro territorio.

Chile tiene disponibles en la plataforma GISAID, 963 (0,15 %) genomas hasta octubre del 2020 de 656.712 casos confirmados, los cuales han sido publicados por estos organismos: Instituto de Salud pública de Chile (492), Centro para Modelamiento Matemático y Centro para Regulación de Genoma (79), Centro Asistencial Docente y de Investigación, Universidad de Magallanes (39) y Laboratorio de Virología Molecular, Universidad Católica (325), Facultad de Ciencias de la Vida Unab (28).

De acuerdo a estas secuencias, hoy se sabe que entre diciembre y enero Chile están circulando 8 variantes de Sars-CoV-2, siendo las variantes B.1.1, B.1.1.33 y N4 las más predominantes. ¿Cuáles son las otras variantes? La B.1.111, la B.1.1.314, la B.1.233 y la N1. A ellas se suma la variante británica (B.1.1.7) que se ha detectado en pasajeros que ingresaron al país y algunos contactos de ellos.

Andrea Silva, experta en Genética y Biología molecular y Directora Ejecutiva de AUSTRAL-omics, agrea que a nivel científico están preocupados por conocer la diversidad que tiene el virus en el país y no solo si está presente la variante de Reino Unido.

“El genoma viral sufre mutaciones azarosas constantemente y mientras más personas presentan la enfermedad, más se aumenta el número de copias virales y con cada vez que el virus se replica en una célula humana, le damos una nueva posibilidad para que mute. En importante monitorear estas mutaciones, dado que estos cambios pueden hacer que se modifique el comportamiento viral, variando por ejemplo su tasa de infectividad, su grado de severidad, así como también se pudiera afectar la secuencia de los genes que se utilizan en las pruebas PCRs para la detección y diagnóstico de COVID-19”, señala Silva.

Consorcio

El año pasado, se constituyó un Consorcio de Genomas CoV-2 en el que participan universidades a lo largo de todo el país.

Uno de los objetivos es que este grupo pudiera realizar también secuenciación, igual como lo hace el Instituto de Salud Pública, pero es no ha ocurrido. “El consorcio no ha comenzado a operar en convenio con el Ministerio de Salud para hacerlas en forma más sistemática. Quien más ha secuenciado es el ISP, pero la idea es que el consorcio tenga financiamiento para que como país se pueda llegar al secuenciación del 5% de las muestras positivas”, dice Allende.

¿Qué falta? Las firmas de los convenios, algo que podría ocurrir en las próximas semanas. “Hacer una secuenciación es cara. Puede costar 500 dólares, pero si hago mil, cuestan 100 dólares cada una, en algunos casos menos”, explica Allende.

Si se firman luego y considerando algún breve retraso en la importación de materiales, el investigador calcula que a mediados de marzo ya podrían estar otros laboratorios secuenciando en el país.

En la UC han secuenciado alrededor de 330 muestras, un tercio de las que está disponibles en el país. Otro 15% lo han hecho laboratorios del Consorcio pero con recursos propios. “El Reino Unido es uno de los que más secuencia muestras, alrededor del 5 o 7% del total de sus muestras positivas. Con la cantidad de casos debiéramos tener como 33 mil secuencias para ser como ellos”, comenta Medina.

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