¿De dónde proviene el virus que circula en Chile? Análisis de genoma de los primeros casos en el país muestra presencia de dos variantes: Wuhan y Europa

Employees in protective clothing do testings for the corona virus at a laboratory in Berlin, Germany, March 26, 2020, as the spread of the coronavirus disease (COVID-19) continues. REUTERS/Axel Schmidt

FOTO: REUTERS

El Instituto de Salud Publica de Chile publicó los resultados del análisis genómico de las muestras de las primeras cuatro personas que fueron diagnosticadas con el virus a comienzos de marzo.




Como si de tratara del linaje de una persona que hace muchos años salió desde un lejano país y se estableció en Chile. Sus hijos, tendrán el mismo apellido, compartirán ciertas características físicas y si se realiza un estudio de su ADN, se podrá determinar de dónde provenían sus antepasados y en qué otros lugares del mundo habitan personas que comparten su origen familiar.

Eso es precisamente lo que hizo el Instituto de Salud Pública (ISP), un análisis filogenético a las muestras de los primeros cuatro casos de coronavirus que fueron detectados en el país a comienzos de marzo, información que ayer fue publicada en el Journal of Medica Virology.

¿El resultado? Los primeros cuatro casos contrajeron la infección en el extranjero, ya sea en el Sudeste de Asia o en Europa y aunque con algunas mutaciones, el virus es muy similar al que se originó en Wuhan, en diciembre del año pasado. Por lo tanto, se puede establecer estás dos vías de ingreso a Chile, un virus proveniente de Asia (variante S) y Europa (variante G), lo que coincide con el destino de viaje de las personas afectadas.

¿Para qué sirve el análisis filogenético?

Jorge Fernández, jefe del Sub Departamento de Genética Molecular del ISP, explica que es importante conocer qué virus es el que está circulando en el país y a partir de esta información, saber si se va modificando y generando más variantes. “Una de las característica de los virus es que poseen RNA (ácido ribonucleico) y eso hace que vayan produciendo muchas mutaciones en el tiempo y aparecen nuevas variantes”, señala.

Aldo Gaggero, director del Departamento de Virología del Instituto de Ciencias Biomédicas (Icbm) de la Facultad de Medicina de la U. de Chile dice que generar este tipo de información es tremendamente importante porque permite comparar entre los países que lo han hecho y de esa manera, se puede tener una visión de cómo se ha ido diseminando el virus cuando hay muchísimas secuencias.

En total, en Chile a la fecha se han descifrado siete muestras de este virus SARS-CoV-2, cuatro del ISPCH y tres realizado en los laboratorios de la Universidad Católica. Toda esta información está disponible en la misma plataforma en la que la comunidad científica compartía la información del virus de la influenza: la plataforma GISAID.

Rafael Medina, virólogo y profesor asociado del Departamento de Enfermedades Infecciosas e Inmunología Pediátrico de la U. Católica, indica que con estos datos es posible “entender cómo se comporta y como sabemos dónde se originó, podemos saber también dónde se contagiaron los demás pacientes y cuáles son los linajes del virus presentes en cada muestra”.

Sobre los datos que arrojó el análisis del ISP, Medina dice que los estudios filogenéticos, son una especie de árbol genealógico en el que se puede saber cuáles son los ancestros de una muestra de virus determinada, revisar los cambios en el genoma y hacer una trazabilidad. “Todos los virus provienen del origina, en China, el primero que se secuenció. Si estos linajes se mantienen en la población o surgen nuevos linajes o variantes también se pueden estudiar con nuevos análisis”, dice.

¿Variante más agresiva? “Con la información que tenemos hasta el momento, no podemos decir si las variantes que hoy circulan en el más son más o menos agresivas o si tienen más o menos capacidad de contagio. Para eso es necesario complementar con estudios clínico. Por ejemplo, estudiar muestras de pacientes fallecidos para identificar la variante y ver si hay relación”, dice Fernández.

Imagen microscópica del Covid-19.

Hasta ahora, esta plataforma GISAID cuenta con más de 2.700 secuencias obtenidas en unos 50 países. Sin embargo, advierte Fernández, esto no representa el universo de la variantes del virus, porque no todos los países tienen la capacidad de realizar estos estudios, por lo que no son el reflejo de la realidad.

Aún así, es posible establecer que en Chile está circulando las variantes S y G del virus, similar a lo que ocurre en Colombia. En Brasil, la mayoría es variante G, aunque también han encontrado presencia de S y V. Estados Unidos posee principalmente S y también G. En China, se han encontrado las tres variantes, además de la original, llamada L.

Además de esta cuatro muestras ya secuenciadas, el ISP ya tiene otros 27 genomas y la proporción de las variantes G y S es similar. “Tendríamos también circulando una ancestral (L). En un par de semanas más podríamos tener una visión más clara. Nuestra idea es hacer un monitoreo como instituto y sumar la colaboración de otros laboratorios que ayuden también a secuenciar”, dice el jefe del Sub Departamento de Genética Molecular del ISPCH,

En el laboratorio de la UC, se han secuenciado tres genomas completo y tienen varios más en proceso. “Los tres que ya secuenciamos, tienen caracterísitcas similares, a las muestras secuenciadas por el ISPCH. Provienen de Europa, coincide en el origen de la secuencia con también de los primeros que ingresaron al país.

Samples are prepared for tests for the corona virus at a laboratory in Berlin, Germany, March 26, 2020, as the spread of the coronavirus disease (COVID-19) continues. REUTERS/Axel Schmidt
Test diagnóstico de Covid-19 en un laboratorio alemán. FOTO REUTERS

Los cuatro casos

Según señala el estudio del ISPCH, los dos primeros casos (Talca) corresponden a una pareja de treinta y pocos años, que viajó desde Chile a Barcelona, España, luego viajaron a Singapur, Indonesia, Malasia y Maldivas. Posteriormente, regresaron de nuevo a Madrid y luego volvieron a Chile. En ambos, el virus presenta seis variaciones (mutaciones) en los mismos lugares del genoma del virus y se clasifica como un virus de linaje S, muy similar al genoma del primer virus secuenciado en Wuhan.

La tercera muestra, corresponde a una paciente mujer que visitó Londres, Venecia y Madrid. En ella el virus presentaba ocho mutaciones y también pertenece al linaje o la variante “S”

El cuarto caso es del otra mujer que es tuvo en Milán. El genoma del virus presente en esta muestra, tiene ocho mutaciones y de acuerdo a sus características, es una variante “G” del virus, más cercana a la versión europea.

Colaboración internacional

A fines de marzo, científicos chinos lograron descifrar el genoma completo del virus SARS-CoV-2, el nuevo coronavirus responsable de la pandemia que hoy afecta al mundo.

Esa información fue puesta a disposición de los investigadores de todos los países en una plataforma liberada y gratuita para que se pueda seguir el rastro de este virus.

Desde entonces, científicos de otros países que están siendo afectados por la pandemia y que tienen la capacidad de hacer este tipo de análisis, han descifrado el genoma del virus que circula en sus territorios.

En Chile, la información de los cuatro casos analizados por el ISP y los tres que ha realizado la Universidad Católica están disponibles y liberadas a la comunidad científica mundial a través de la plataforma GISAID.

De esa manera se puede ir construyendo el mapa mundial de los virus y su avance en el planeta.

Según Fernández, en Lationamérica, Chile, Colombia, Brasil, Ecuador, México y Panamá, están realizando secuenciación genómica del virus.

La semana pasada, científicos del ISP capacitaron a pares de otros países vía web, para que puedan realizar estos estudios en sus países. “No había protocolo y nosotros compartimos el nuestro. También estamos en condiciones de compartir reactivos y también nuestros servidores para que puedan hacer el análisis bioinformático. Incluso analizar las muestras que ellos hayan obtenido”, dice Fernández.

Nuevos estudios

El Centro de Bioinformática y Biología Integrativa de la U. Andrés Bello también está iniciando algunos estudios.

Eduardo Castro, profesor asociado de este centro, explica que su grupo junto a otros colaboradores tomaron las secuencias liberadas por el ISPCH para iniciar un nuevo estudio. El objetivo es secuenciar entre 100y 150 genomas más, con una muestra representativa de todo el país por lo que trabajarán con otros laboratorios. Esta semana llegarían las primeras muestras provenientes de un laboratorio en la Región de Atacama.

El virus de hoy tiene el mismo de origen, pero es necesario analizarlo en su dimensión tiempo y espacio. Por lo que estudiaremos muestras de distintos lugares y de diferentes semanas, para tener una visión mas general de lo que está ocurriendo en el país”, explica Castro.

Este investigador de la Unab es también parte de un grupo de científicos que participa en el estudio Metasub, con el que analizan los microorganismos presentes en el transporte público de diferentes ciudades del mundo. Como ya tienen experiencia, ahora acordaron medir la presencias de este virus SARS no solo en el transportes, sino en también en lugares comunes como los cajeros automáticos, farmacias y supermercados. El kit para tomar las muestras, ya llegó al país por lo que pronto podrán iniciar esta investigación.

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