De acuerdo al Informe Financiero del proyecto de reforma a Fonasa, la implementación del nuevo sistema tendrá un costo de US$ 170 millones el primer año y de US$ 132 millones el segundo, hasta llegar a US$ 138 millones en el quinto período de régimen (con un dólar a $ 770).

El costo más alto corresponde a la resolución de un primer stock de prestaciones No GES, que se encuentran en lista de espera y que demandarían US$ 128 millones. Sobre este gasto, el documento afirma que "es superior en su primer año de aplicación respecto de los siguientes, debido a que se deben resolver todas aquellas garantías de arrastre de años anteriores, es decir, aquellas que entrarían a incumplimiento antes del año de ejercicio".

A continuación se ubica el financiamiento del seguro de medicamentos, que se estima demandará unos US$ 23 millones en los primeros 12 meses.

En paralelo, el informe menciona que el gasto fiscal institucional por las nuevas funciones de Fonasa llegará a US$ 6,2 millones el primer año, dividido entre inversión en personal y bienes y servicios.

El documento también incluye un ejercicio estimativo, que proyecta que el nuevo sistema podría conllevar un menor costo de US$ 60 millones por compras de servicios asistenciales, es decir, un 25% del costo total en 2019, debido a la instalación de compra centralizada y mejora en la eficiencia.

Para Matías Goyenechea, presidente de la Fundación Creando Salud, los recursos parecen escasos para financiar lo que se propone. "El proyecto representa una inyección de escasos recursos; esto es $ 1.214 per cápita por beneficiario de Fonasa, lo cual es insuficiente para avanzar en fortalecer la red pública". Agregó que la iniciativa "parece ser una declaración de buenas intenciones, pero sin los recursos suficientes para hacer un cambio sustantivo a la red pública de salud".