Se transformó en el jugador con el precio más caro que había pagado Universidad de Chile: dos millones de dólares. Llegaba a Chile con cartel de crack. Sin embargo, y tras haber jugado solo dos partidos por el campeonato nacional por culpa de las lesiones, Eduardo Morante emigró a préstamo a Liga de Quito.

Al siguiente año, a principios de 2014, el ecuatoriano parte al Deportivo Cuenca, equipo con el que la U tuvo que recurrir a la FIFA por incumplimiento de contrato.

Tras aquel problema, Universidad de Chile optó por rescindirle contrato al jugador, que inicialmente había firmado hasta fines de 2015, y se deshizo del jugador.

Actualmente, Eduardo Morante acaba de fichar en el Club Deportivo El Nacional de Ecuador. Al llegar, el ex azul aseguró que "siempre estuve en óptimas condiciones, salí del Cuenca por el asunto económico". Además, agregó: "Voy a jugar bien para asegurar un cupo en la Libertadores".